샤아의 반란이라 불린 제2차 네오지온 항쟁이 끝난 후 12년. 우주세기 105년. 지구 환경은 계속해서 악화되고, 지구연방정부는 지구를 보존한다는 명목 아래 민간인을 강제로 우주로 이주시키는 인간 사냥 정책까지 자행하며 부패의 극에 달한다. 이러한 현실에 맞서 고위 관료 암살을 통해 저항을 시작한 반정부 조직 마프티. 샤아의 환생이라 불리며 조직을 이끄는 리더 마프티 나비유 에린의 정체는, 과거 브라이트 노아의 아들이자 전쟁을 겪은 청년 하사웨이 노아였다. 신비한 힘을 지닌 소녀 기기 안달루시아를 만난 이후, 하사웨이는 잊고 있던 과거와 마주하며 깊은 혼란에 빠진다. 그럼에도 그는 마프티의 이상을 위해 지구연방 고위 관료들이 집결하는 애들레이드 회의 습격 작전을 준비한다. 한편, 지구연방군의 젊은 지휘...